FlexS

Descrição

FlexS prevê a conformação e orientação de um dos ligantes em relação ao outro. No FlexS, o ligante de referência é considerado rígido, portanto, deve ser dado em uma conformação semelhante ao estado ligado. O algoritmo de superposição no FlexS requer pouca intervenção manual. Você pode integrar esse conhecimento nos cálculos com o FlexS executando etapas únicas manualmente. Assim, o FlexS é projetado para trabalho interativo em pares de ligantes, bem como para triagem virtual baseada em ligantes. As duas principais aplicações do FlexS são superposicionamento de ligantes (por exemplo, para CoMFA/QSAR) e triagem virtual. Se você tem uma proteína e uma pequena molécula se ligando a ela (o chamado ligante de referência), mas nenhuma estrutura da proteína, você pode tomar a estrutura de referência como uma impressão digital negativa do sítio ativo. O FlexS determina a semelhança entre o teste e a estrutura de referência alinhando-os. Na triagem virtual, você tem um ligante de referência e um conjunto de compostos e está interessado em priorizar os compostos para testes experimentais.