ZOOM Lite

Descrição

ZOOM Lite é um software de mapeamento e visualização de dados de sequenciamento de última geração. Os usuários inserem genomas de referência e Illumina/Solexa short lê arquivos ou o espaço de cores AB SOLiD lê arquivos em vários formatos, como * .fasta, * .fastq, * _seq.txt, * .csfasta etc. lê na sequência de referência. O ZOOM Lite possui um kernel de mapeamento rápido e preciso baseado em uma teoria de sementes espaçadas múltiplas recentemente projetada. Tanto leituras single-end como emparelhadas de vários comprimentos de 15bp a 240bp podem ser tratadas. Qualquer número de incompatibilidades e uma inserção/exclusão de vários comprimentos entre a leitura e sua região de destino na sequência de referência são permitidos. Os resultados mapeados exclusivamente ou os melhores (N principais) resultados para cada leitura serão relatados de acordo com as incompatibilidades mínimas e o comprimento indel. Pontuações de qualidade são utilizadas para aumentar a precisão do mapeamento. Com base no kernel de mapeamento, ZOOM Lite permite aos usuários carregar dados de leitura local e dados de sequência de referência, selecionar parâmetros adequados, processar dados de alto volume em paralelo entre até quatro CPUs, monitorar as tarefas em execução, armazenar os resultados de mapeamento, visualizar os gráficos de resultados de mapeamento e resultados de mapeamento de saída em formatos de arquivo * .BED ou * .GFF para levantamento adicional com as informações de rastreamento do navegador UCSC. Os resultados do mapeamento podem ser visualizados em qualquer escala desejada, desde o gráfico de profundidade de leitura em um cromossomo inteiro até alinhamentos de sequência detalhados entre as leituras e a sequência de referência. Os usuários navegam facilmente para regiões de interesse simplesmente clicando e arrastando ou rolando. ZOOM Lite é um derivado do software ZOOM Studio.